服务质素
为了加强对在囚人士的安全及人道管理，服务质素处适时进行检讨和推行优化措施，以维持及提升工作表现并实践二零一八年制定的策略发展计划。
审核及保安组
审核课致力提供有系统和优质的内部审核工作，确保各惩教设施恪守部门的政策、规则及规例，以及符合既定的方法和标准，并善用资源，提高工作效率。
审核课提供的院所工作审核获得ISO 9001:2015质量管理体系的认证，当中落实以风险为本的审核方针，令审核工作更具针对性，以适时应对在院所运作方面发现的风险。
审核课在惩教院所进行专题视察。
过往一年，审核课于不同惩教设施进行了4次全面视察、16次专题视察、19次跟进视察、7次保安视察及12次突击视察。
为确保在囚人士在一个无毒品的环境中羁押，保安课全力打击偷运违禁品进入惩教院所。在二零一八年，部门检获25宗毒品个案，全部毒品都在流入院所前已被截获。
过往一年，保安课于各院所进行了150次联合搜查行动、7930次特别搜查行动及150次夜间突击搜查行动，并检获未经准许的物品。
在培训方面，审核及保安组举办多项与工作相关的分享及训练课程，包括由专家学者举办有关「公职人员行为失当」及「小额钱债审裁法律程序」的课程。
职员在2018世界杯反赌博行动简报会上展示在相关搜查行动中搜获的赌具及违禁品。
署方于各类搜查行动中检获未经准许的物品。
管理事务及研究组
二零一八年，为扩大及深化部门进行研究工作的能力，人力资源处的法律研究组经重组後纳入服务质素处，隶属管理事务及研究组，并分为管理事务课、研究课及法律研究课。
部门获香港人力资源管理学会于二零一八年五月颁发「卓越应变改革管理奖」，肯定部门积极创新和敢于求变的机构文化。
管理事务课经常检讨在本署职权范围内的相关法例、工作守则和运作手册，以确保符合运作需要及回应社会环境转变而产生的诉求。本署于二零一七年推出新的「抱负、任务及价值观」，以更适切地反映本署的角色及长远发展的重点，并获香港人力资源管理学会于二零一八年五月颁发「卓越应变改革管理奖」，肯定部门积极创新和敢于求变的机构文化。
本署与机电工程署合作研发能于在囚人士的排泄物中检查毒品的机械手臂系统，以取代前线职员进行厌恶性工作。
职员示范使用最新引入的易燃液体检测仪，防止访客携带易燃液体进入惩教院所。
该课除了引入先进科技产品如易燃液体检测器等，亦探讨创新科技的应用，以强化保安系统和提升运作效率。本署与机电工程署合作研发能于在囚人士的排泄物中检查毒品的机械手臂系统，以取代前线职员进行厌恶性工作。该系统将于二零一九年初在院所进行测试。
研究课就本署运作和惩教计划的策略规划、监察和检讨提供研究支援，同时协助本署通过参与国际会议及论坛，包括亚洲及太平洋惩教首长会议、国际惩教及狱政专业协会会议等，与海外惩教机构交流信息、经验和最佳的工作模式。
法律研究课就对整体惩教工作有深远影响的法律事宜，统筹法律谘询工作。该课亦为同事提供法律参考资料，让他们能提升工作的专业水平。
投诉调查组
投诉调查组是由惩教署署长委任的独立组别，职责是按照 ISO 质量管理系统的标准，迅速、彻底及公正处理和调查职权范围内的所有投诉，致力防止日後再有同类投诉出现，以及持续提升整体服务质素。为作出监察与制衡，调查结果会由惩教署投诉委员会审核。为持续改善工作效率及强化风险管理，投诉调查组成功将ISO 9001认证升级至2015版後，会继续研究有关范畴，致力进一步提升服务质素。
投诉调查组在二零一八年收到340宗由在囚人士、公众人士及职员提出的投诉／求助／查询个案。当中，由该组展开全面调查的投诉个案有81宗、转介院所处理并由该组监察的个案有46宗，以及列为求助／查询的个案有213宗。此外，惩教署投诉委员会合共审核和通过98宗投诉个案，并提出32项服务改善建议。
惩教署设有投诉上诉委员会，就投诉人对投诉委员会审核结果的上诉作最终决定。为扩阔委员会的组织架构及加强审议机制的独立性，该委员会的非官方委员人数由10位增加至18位，除了太平绅士外，也吸纳对惩教工作有认识的宗教人士参与。
反恐组
近年全球恐怖主义活动及形势不断转变，手法愈趋多样化，对全球包括香港的安全带来严峻的挑战。
在保安局的协调下，跨部门反恐专责组于二零一八年四月二十三日成立，成员分别来自6个纪律部队，专职监察全球恐怖主义趋势和反恐措施，检讨及改善香港反恐策略，拓展反恐专业培训，以及完善各项应变计划等。
为加强应对潜在恐怖主义的能力及配合跨部门反恐专责组的工作，本署于二零一八年四月同步成立反恐组，该组成员除执行专责组的工作外，亦负责统筹和收集反恐情报，以及处理部门内其他与反恐相关的事宜。
