左上方为瞭望塔，右上方则是惩教署的英文缩写「HKCS」。

中间十条颜色柱代表馆内十个展览室，并组合成「M」字，代表博物馆(Museum)。

下方「香港惩教博物馆」七个字若隐若现，寓意惩教人员虽不常出现在镁光灯下，却在背后默默守护香港。